Rad Agencije zasnovan je na sljedećim načelima:
1. Načelo dobrovoljnosti
Strane u kolektivnom i individualnom sporu dobrovoljno odlučuju o pristupanju mirnom rješavanju spora. Odstupanje od načela dobrovoljnosti postoji kod rješavanja kolektivnih radnih sporova u djelatnostima od javnog interesa, gdje je mirenje obavezno.
2. Načelo jednakosti
Strane u sporu imaju jednaka prava.
3. Načelo tajnosti
Na zahtjev strana u sporu, svaki podnesak, isprava ili drugi dokument koji je upotrebljen u postupku mirnog rješavanja spora se vraća stranama bez zadržavanja kopije.
4. Načelo nepristrasnosti i nezavisnosti
Miritelj, odnosno arbitar je dužan da postupa nezavisno i nepristrasno, u cilju postizanja mirnog rješavanja spora
.